Качественное исследование некоторых биохимических моделей

Авторы

  • Касиан Пантеа Университет Западной Виргинии
  • Валерий Георгиевич Романовский Мариборский университет; Центр прикладной математики и технической физики университета Марибора

DOI:

https://doi.org/10.21638/11701/spbu01.2020.214

Аннотация

В статье предложен вычислительный подход для нахождения бифуркаций Андронова — Хопфа в полиномиальных системах обыкновенных дифференциальных уравнений, зависящих от параметров. Подход основан на использовании алгоритмов вычислительной коммутативной алгебры, краеугольным камнем которых является теория базисов Гребнера. В настоящей статье предложенный подход применен к исследованию двух моделей, связанных с двойным фосфорилированием кинезиса митогенактивированного протеина (MAPK) — важным процессом при обмене сигналов междуклетками. Для этих моделей произведен анализ корней характеристических полиномов якобианов, вычисленных в состояниях равновесия, и доказано отсутствие бифуркаций Андронова — Хопфа для значений параметров, допустимых с биохимической точки зрения. Осуществлен поиск алгебраических инвариантных поверхностей в данных системах (представляющих «слабые» законы сохранения с биохимической точки зрения) и найдены все подсистемы, имеющие линейные инвариантные подпространства. Поиск инвариантных подпространств произведен с использованием метода Дарбу, т. е. мы ищем полиномы Дарбу и соответствующие кофакторы как полиномы с неопределенными коэффициентами и затем определяем неизвестные коэффициенты с использованием алгоритмов теории исключения.

Ключевые слова:

полиномиальные системы ОДУ, бифуркация Андронова — Хопфа, инвариантное подпространство, сети биохимических реакций

Скачивания

 

Библиографические ссылки

1. Feinberg M. Foundations of Chemical Reaction Network Theory. Springer, 2019.

2. Conradi C., Pantea C. Multistationarity in Biochemical Networks: Results, Analysis, and Examples. In: Algebraic and Combinatorial Computational Biology / Eds. R. Robeva, M. Macauley. Academic Press, 2019.

3. Errami H., Eiswirth M., Grigoriev D., Seiler W. M., Sturm T., Weber A. Detection of Hopf Bifurcations in Chemical Reaction Networks Using Convex Coordinates // J. Comput. Phys. 2015. Vol. 291. P. 279-302.

4. Niu W., Wang D. Algebraic Approaches to Stability Analysis of Biological Systems // Math. Comput. Sci. 2008. Vol. 1. P. 507-539.

5. Niu W., Wang D. Algebraic analysis of stability and bifurcation of a self-assembling micelle system // Appl. Math. Comput. 2012. Vol. 219. P. 108-121.

6. Sturm T., Weber A., Abdel-Rahman E. O., El Kahoui M. Investigating Algebraic and Logical Algorithms to Solve Hopf Bifurcation Problems in Algebraic Biology // Math. Comput. Sci. 2009. Vol. 2, no. 3. P. 493-515.

7. Kruff N., Walcher S. Coordinate-Independent Criteria for Hopf Bifurcations // Discrete and Continuous Dynamical Systems. 2020. Vol. 13, no. 4. P. 1319-1340. https://org.doi/ DOI: 10.3934/dcdss.2020075

8. Cox D., Little J., O'Shea D. Ideals, Varieties, and Algorithms. New York: Springer-Verlag, 1992.

9. Conradi C., Mincheva M., Shiu A. Emergence of Oscillations in a Mixed-Mechanism Phosphorylation System // Bull. Math. Biol. 2019. Vol. 81. P. 1829-1852.

10. Banaji M. I nheritance of Oscillation in Chemical Reaction Networks // Appl. Math. Comput. 2018. Vol. 325. P. 191-209.

11. Banaij M., Pantea C. The Inheritance of Nondegenerate Multistationarity in Chemical Reaction Networks // SIAM J. Appl. Math. 2018. Vol. 78. P. 1105-1130.

12. Decker W., Greuel G.-M., Pfister G., Shönemann H. Singular. 4-1-2-A Computer Algebra System for Polynomial Computations. 2019. URL: http://www.singular.uni-kl.de (accessed: December 12, 2019).

13. Decker W., Laplagne S., Pfister G., Schönemann H. Singular. 3-1 library for computing the prime decomposition and radical of ideals. 2010.

14. Gianni P., Trager B., Zacharias G. Gröbner Bases and Primary Decomposition of Polynomial Ideals // J. Symbolic Comput. 1988. Vol. 6. P. 146-167.

15. Arnold E. A. Modular Algorithms for Computing Gröbner Bases // J. Symbolic Comput. 2003. Vol. 35, no. 4. P. 403-419.

16. Romanovski V. G., Prešern M. An Approach to Solving Systems of Polynomials via Modular Arithmetics with Applications // J. Comput. Appl. Math. 2011. Vol. 236. P. 196-208.

Загрузки

Опубликован

15.08.2020

Как цитировать

Пантеа, К., & Романовский, В. Г. (2020). Качественное исследование некоторых биохимических моделей. Вестник Санкт-Петербургского университета. Математика. Механика. Астрономия, 7(2), 319–330. https://doi.org/10.21638/11701/spbu01.2020.214

Выпуск

Раздел

Памяти В. А. Плисса